Po wejściu do świątyni znajdujemy się w jasnym i przestrzennym jednonawowym wnętrzu,

założonym na planie krzyża łacińskiego i podzielonym na dziesięć przęseł. Nawa i prezbiterium mają długość 72 metrów, a wysokość 22 metrów, przykryte są sklepieniami krzyżowo – żebrowymi, natomiast trzyprzęsłowy transept, sklepieniami gwiaździstymi. Prezbiterium oddzielone jest od korpusu nawowego wyraźnie zaznaczonym łukiem tęczowym. Sklepienia chóru posiadają płaskorzeźbione gotyckie zworniki, m.in. z przedstawieniem liściastej maski i głowy biskupa, którego niektórzy utożsamiają z Nankierem. Wspierają się one na nadwieszonych pękach służek, z wyrzeźbionymi w XIX wieku wspornikami, przedzielonych w dolnej części gzymsem podokiennym. W korpusie nawowym i transepcie, zrekonstruowane w większości sklepienia, opierają się na lizenach ze wspornikami.W północnej i południowej ścianie transeptu znajdują się cztery pary niższych od pozostałych, częściowo zamurowanych okien, które pochodzą z wcześniejszej budowli, podwyższonej pod koniec XIV wieku. Po obu stronach prezbiterium znajdują się dwa ośmioprzęsłowe aneksy sklepione krzyżowo – żebrowo, mieszczące kaplicę i zakrystię. Od strony ołtarza głównego prowadzą do nich ostrołukowe portale, z których północny cechuje się bogatą formą i delikatną dekoracją rzeźbiarską, którą tworzą stylizowane kwiaty i wielolistny maswerk w podłuczu.

Architektura kościoła Św. Wojciecha reprezentuje charakterystyczny dla późnego gotyku typ świątyni zakonnej, ukształtowany w Europie pod koniec XIII wieku, cechujący się wyraźnie wyodrębnionym długim chórem, przeznaczonym dla duchowieństwa, oddzielonym od reszty kościoła łukiem tęczowym. Podobne rozwiązania zastosowano we Wrocławiu w kościołach franciszkanów Św. Jakuba i Wincentego, augustianów Św. Doroty, Stanisława i Wacława oraz bernardynów Św. Bernarda. Kościół dominikański, a zwłaszcza jego prezbiterium, odznacza się dużym bogactwem form architektonicznych, nie często spotykanym w innych kościołach mendykanckich.